CrossRef enabled

PAC Archives

Archive →

Pure Appl. Chem., 2010, Vol. 82, No. 1, pp. 57-67

http://dx.doi.org/10.1351/PAC-CON-09-02-12

Published online 2010-01-03

An integrative approach for high-throughput screening and characterization of transcriptional regulators in Streptomyces coelicolor

Eunjung Song1,2, Yung-Hun Yang2, Bo-Rahm Lee1,2, Eun-Jung Kim1,2, Ji-Nu Kim1,2, Sung-Soo Park2, Kwangwon Lee2, Woo-Seong Kim2, Sungyong You3, Daehee Hwang3 and Byung-Gee Kim1,2*

1 Institute of Bioengineering, Seoul National University, Seoul, Korea
2 School of Chemical and Biological Engineering, Seoul National University, Seoul, Korea
3 School of Chemical Engineering, Pohang University of Science and Technology, Pohang, Korea

References

  • 1. D. A. Hopwood. Microbiology 145, 2183 (1999).
  • 2. D. A. Hopwood. Annu. Rev. Genet. 40, 1 (2006). (http://dx.doi.org/10.1146/annurev.genet.40.110405.090639)
  • 3. K. W. Lee, H. S. Joo, Y. H. Yang, E. Song, B. G. Kim. J. Microbiol. Biotechnol. 16, 331 (2006).
  • 4. S. D. Bentley, K. F. Chater, A.-M. Cerdeño-Tárraga, G. L. Challis, N. R. Thomson, K. D. James, D. E. Harris, M. A. Quail, H. Kieser, D. Harper, A. Bateman, S. Brown, G. Chandra, C. W. Chen, M. Collins, A. Cronin, A. Fraser, A. Goble, J. Hidalgo, T. Hornsby, S. Howarth, C.-H. Huang, T. Kieser, L. Larke, L. Murphy, K. Oliver, S. O’Neil, E. Rabbinowitsch, M.-A. Rajandream, K. Rutherford, S. Rutter, K. Seeger, D. Saunders, S. Sharp, R. Squares, S. Squares, K. Taylor, T. Warren, A. Wietzorrek, J. Woodward, B. G. Barrell, J. Parkhill, D. A. Hopwood. Nature 417, 141 (2002). (http://dx.doi.org/10.1038/417141a)
  • 5. M. J. Herrgård, M. W. Covert, B. Ø. Palsson. Curr. Opin. Biotechnol. 15, 70 (2004). (http://dx.doi.org/10.1016/j.copbio.2003.11.002)
  • 6. F. Kunst, N. Ogasawara, I. Moszer, A. M. Albertini, G. Alloni, V. Azevedo, M. G. Bertero, P. Bessières, A. Bolotin, S. Borchert, R. Borriss, L. Boursier, A. Brans, M. Braun, S. C. Brignell, S. Bron, S. Brouillet, C. V. Bruschi, B. Caldwell, V. Capuano, N. M. Carter, S.-K. Choi, J.‑J. Codani, I. F. Connerton, N. J. Cummings, R. A. Daniel, F. Denizot, K. M. Devine, A. Düsterhöft, S. D. Ehrlich, P. T. Emmerson, K. D. Entian, J. Errington, C. Fabret, E. Ferrari, D. Foulger, C. Fritz, M. Fujita, Y. Fujita, S. Fuma, A. Galizzi, N. Galleron, S.-Y. Ghim, P. Glaser, A. Goffeau, E. J. Golightly, G. Grandi, G. Guiseppi, B. J. Guy, K. Haga, J. Haiech, C. R. Harwood, A. Hénaut, H. Hilbert, S. Holsappel, S. Hosono, M.-F. Hullo, M. Itaya, L. Jones, B. Joris, D. Karamata, Y. Kasahara, M. Klaerr-Blanchard, C. Klein, Y. Kobayashi, P. Koetter, G. Koningstein, S. Krogh, M. Kumano, K. Kurita, A. Lapidus, S. Lardinois, J. Lauber, V. Lazarevic, S.-M. Lee, A. Levine, H. Liu, S. Masuda, C. Mauël, C. Médigue, N. Medina, R. P. Mellado, M. Mizuno, D. Moestl, S. Nakai, M. Noback, D. Noone, M. O’Reilly, K. Ogawa, A. Ogiwara, B. Oudega, S.-H. Park, V. Parro, T. M. Pohl, D. Portetelle, S. Porwollik, A. M. Prescott, E. Presecan, P. Pujic, B. Purnelle, G. Rapoport, M. Rey, S. Reynolds, M. Rieger, C. Rivolta, E. Rocha, B. Roche, M. Rose, Y. Sadaie, T. Sato, E. Scanlan, S. Schleich, R. Schroeter, F. Scoffone, J. Sekiguchi, A. Sekowska, S. J. Seror, P. Serror, B.-S. Shin, B. Soldo, A. Sorokin, E. Tacconi, T. Takagi, H. Takahashi, K. Takemaru, M. Takeuchi, A. Tamakoshi, T. Tanaka, P. Terpstra, A. Tognoni, V. Tosato, S. Uchiyama, M. Vandenbol, F. Vannier, A. Vassarotti, A. Viari, R. Wambutt, E. Wedler, H. Wedler, T. Weitzenegger, P. Winters, A. Wipat, H. Yamamoto, K. Yamane, K. Yasumoto, K. Yata, K. Yoshida, H.-F. Yoshikawa, E. Zumstein, H. Yoshikawa, A. Danchin. Nature 390, 249 (1997). (http://dx.doi.org/10.1038/36786)
  • 7. J. S. Rokem, A. E. Lantz, J. Nielsen. Nat. Prod. Rep. 24, 1262 (2007). (http://dx.doi.org/10.1039/b617765b)
  • 8. T. V. Hung, K. Ishida, N. Parajuli, K. Liou, H. C. Lee, J. K. Sohng. Biotechnol. Bioprocess Eng. 11, 116 (2006). (http://dx.doi.org/10.1007/BF02931894)
  • 9. M. A. Fernández-Moreno, J. L. Caballero, D. A. Hopwood, F. Malpartida. Cell 66, 769 (1991). (http://dx.doi.org/10.1016/0092-8674(91)90120-N)
  • 10. K. E. Narva, J. S. Feitelson. J. Bacteriol. 172, 326 (1990).
  • 11. G. Stratigopoulos, N. Bate, E. Cundliffe. Mol. Microbiol. 54, 1326 (2004). (http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2958.2004.04347.x)
  • 12. H. Anzai, T. Murakami, S. Imai, A. Satoh, K. Nagaoka, C. J. Thompson. J Bacteriol. 169, 3482 (1987).
  • 13. K. Madduri, C. R. Hutchinson. J. Bacteriol. 177, 3879 (1995).
  • 14. L. Chen, Y. Lu, J. Chen, W. Zhang, D. Shu, Z. Qin, S. Yang, W. Jiang. Appl. Microbiol. Biotechnol. 80, 277 (2008). (http://dx.doi.org/10.1007/s00253-008-1545-8)
  • 15. S. H. Kang, J. Huang, H. N. Lee, Y. A. Hur, S. N. Cohen, E. S. Kim. J. Bacteriol. 189, 4315 (2007). (http://dx.doi.org/10.1128/JB.01789-06)
  • 16. S. S. Park, Y. H. Yang, E. Song, E. J. Kim, W. S. Kim, J. K. Sohng, H. C. Lee, K. K. Liou, B. G. Kim. J. Ind. Microbiol. Biotechnol. (2009). Published online.
  • 17. Y. H. Yang, J. N. Kim, E. Song, E. Kim, M. K. Oh, B. G. Kim. Appl. Microbiol. Biotechnol. 80, 709 (2008). (http://dx.doi.org/10.1007/s00253-008-1574-3)
  • 18. H. W. Ma, J. Buer, A. P. Zeng. BMC Bioinformatics 5, 199 (2004). (http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-5-199)
  • 19. M. Yaneva, P. Tempst. Anal. Chem. 75, 6437 (2003). (http://dx.doi.org/10.1021/ac034698l)
  • 20. S. S. Park, B. J. Ko, B. G. Kim. Anal. Biochem. 344, 152 (2005). (http://dx.doi.org/10.1016/j.ab.2005.05.019)
  • 21. Y. H. Yang, E. Song, E. Kim, K. W. Lee, W. S. Kim, S. S. Park, J. S. Hahn, B. G. Kim. Appl. Microbiol. Biotechnol. 82, 501 (2009). (http://dx.doi.org/10.1007/s00253-008-1802-x)
  • 22. R. Edgar, M. Domrachev, A. E. Lash. Nucleic Acids Res. 30, 207 (2002). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/30.1.207)
  • 23. T. Barrett, D. B. Troup, S. E. Wilhite, P. Ledoux, D. Rudnev, C. Evangelista, I. F. Kim, A. Soboleva, M. Tomashevsky, R. Edgar. Nucleic Acids Res. 35, D760 (2006). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkl887)
  • 24. J. Huang, C. J. Lih, K. H. Pan, S. N. Cohen. Genes Dev. 15, 3183 (2001). (http://dx.doi.org/10.1101/gad.943401)
  • 25. P. J. Simpson, C. Stanton, G. F. Fitzgerald, R. P. Ross. Appl. Environ. Microbiol. 68, 765 (2002). (http://dx.doi.org/10.1128/AEM.68.2.765-771.2002)
  • 26. E. E. Noens, V. Mersinias, B. A. Traag, C. P. Smith, H. K. Koerten, G. P. van Wezel. Mol. Microbiol. 58, 929 (2005). (http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2958.2005.04883.x)
  • 27. U. Alon. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits, p.216, Chapman & Hall/CRC, Boca Raton (2007).
  • 28. W. Lian, K. P. Jayapal, S. Charaniya, S. Mehra, F. Glod, Y. S. Kyung, D. H. Sherman, W. S. Hu. BMC Genomics 9, 56 (2008). (http://dx.doi.org/10.1186/1471-2164-9-56)
  • 29. N. Karoonuthaisiri, D. Weaver, J. Huang, S. N. Cohen, C. M. Kao. Gene 353, 53 (2005). (http://dx.doi.org/10.1016/j.gene.2005.03.042)
  • 30. D. Weaver, N. Karoonuthaisiri, H. H. Tsai, C. H. Huang, M. L. Ho, S. Gai, K. G. Patel, J. Huang, S. N. Cohen, D. A. Hopwood, C. W. Chen, C. M. Kao. Mol. Microbiol. 51, 1535 (2004). (http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2958.2003.03920.x)
  • 31. J. Huang, J. Shi, V. Molle, B. Sohlberg, D. Weaver, M. J. Bibb, N. Karoonuthaisiri, C. J. Lih, C. M. Kao, M. J. Buttner, S. N. Cohen. Mol. Microbiol. 58, 1276 (2005). (http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2958.2005.04879.x)
  • 32. B. M. Bolstad, R. A. Irizarry, M. Astrand, T. P. Speed. Bioinformatics 19, 185 (2003). (http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/19.2.185)
  • 33. D. Hwang, A. G. Rust, S. Ramsey, J. J. Smith, D. M. Leslie, A. D. Weston, P. de Atauri, J. D. Aitchison, L. Hood, A. F. Siegel, H. Bolouri. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 17296 (2005). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.0508647102)
  • 34. S. Rigali, H. Nothaft, E. E. Noens, M. Schlicht, S. Colson, M. Müller, B. Joris, H. K. Koerten, D. A. Hopwood, F. Titgemeyer, G. P. van Wezel. Mol. Microbiol. 61, 1237 (2006). (http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2958.2006.05319.x)
  • 35. P. H. Viollier, K. T. Nguyen, W. Minas, M. Folcher, G. E. Dale, C. J. Thompson. J. Bacteriol. 183, 3193 (2001). (http://dx.doi.org/10.1128/JB.183.10.3193-3203.2001)
  • 36. P. H. Viollier, W. Minas, G. E. Dale, M. Folcher, C. J. Thompson. J. Bacteriol. 183, 3184 (2001). (http://dx.doi.org/10.1128/JB.183.10.3184-3192.2001)
  • 37. P. Liras, J. P. Gomez-Escribano, I. Santamarta. J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 35, 667 (2008). (http://dx.doi.org/10.1007/s10295-008-0351-8)